10 שנים חלפו בין "כוכב הקופים:המרד" לבין "כוכב הקופים: השחר". כעת, אומה מתפתחת של קופים שעברו מוטציה גנטית בראשות סיזר, נמצאת תחת איום בידי קבוצה של בני אדם ששרדו את הוירוס הקטלני שהשתחרר עשור קודם לכן. הם מגיעים לשלום שברירי, אבל השלום הזה קצר מועד כששני הצדדים עומדים על סף מלחמה שתכריע מי יהיה המין שישלוט בכדור הארץ...